Markus Prachensky wird am 21. März 1932 in Innsbruck geboren. Nach dem Abitur übersiedelt er 1952 nach Wien, wo er ein Architekturstudium an der Akademie der bildenden Künste bei Lois Welzenbacher beginnt. Parallel dazu studiert Prachensky ab 1953 Malerei. Zusammen mit Wolfgang Hollegha, Josef Mikl und Arnulf Rainer gründet er 1956 die Künstlergruppe "Galerie nächst St. Stephan", deren Hauptförderer der bekannte Kunsthistoriker Monsignore Otto Mauer ist. Bereits 1957 wird die Gruppe in einer großen Ausstellung der Wiener Secession vorgestellt und Prachensky wird deren Mitglied. Bei einem Arbeitsaufenthalt in Paris 1958 lernt er u.a. die Künstlerkollegen Jean Arp, Pierre Soulages, Yves Klein und Sam Francis kennen. 1959 findet die erste Aufführung der "Peinture liquide" im Theater am Fleischmarkt in Wien statt und er nimmt an der documenta II in Kassel teil. Anfang der 1960er Jahre hält sich Prachensky für längere Zeit in Berlin und Stuttgart auf, wo 1964-66 die Serien "Rot und Rot - Berlin" sowie die Solitude-Bilder entstehen. Während die frühen Arbeiten noch streng geometrischen Kompositionen folgen, entwickelt Prachensky seit den 1960er Jahren eine unverwechselbare tachistische, am internationalen Informel orientierte expressive Malweise. 1967 reist der Künstler nach New York, wo er Clement Greenberg trifft. Er übersiedelt im selben Jahr in die USA und richtet sich ein Atelier in Los Angeles ein. Es folgen Aufenthalte in Palm Springs und Reisen nach Mexiko. 1969 kehrt Prachensky nach Europa zurück, wo er zunächst in Hannover, ab 1971 wieder in Wien arbeitet und ausstellt. 1972 erhält der Künstler den Auftrag für einen großen Gobelin für das Kongresshaus in Innsbruck. Seit 1975 unternimmt Prachensky ausgedehnte Reisen in den Mittelmeerraum, v.a. zu verschiedenen archäologischen Stätten Italiens, die ihm als Inspirationsquelle dienen. Bis in die Mitte der 1970er Jahre ist Prachenskys Malerei auf Rottöne konzentriert, erst die Eindrücke aus Italien erweitern die Palette um Schwarz und Gelb. Südliche Landschaften, die Farben und Formen Italiens werden während der 1980er und 1990er Jahre Kern seiner Zyklen. Von 1983 bis 2000 lehrt Prachensky als Leiter der Meisterschule für Malerei an der Wiener Akademie. 1992 erhält der Künstler die Ehrenmedaille in Gold der Stadt Wien, 2003 wird er mit dem Preis der Stadt Wien für Bildende Kunst geehrt. Große Retrospektiven finden 1970 im Kunstverein Hannover, 1979 in der Wiener Akademie und 2002 anlässlich seines 70. Geburtstages in der Österreichischen Galerie im Oberen Belvedere statt. 2003 sind Pachenskys Arbeiten in der Wiener Galerie Ulysses und in der Sammlung Essl, Klosterneuburg zu sehen. Der Künstler gilt als einer der wichtigsten Vertreter des Informel in Österreich.
Markus Prachensky stirbt im Jahr 2011 in Wien.