Um das Jahr 1570 herum kommt Giovanni Baglione, ein Großmeister des römischen Frühbarock, in Rom zur Welt. Sein Geburtsdatum ist nicht gesichert und auch umstritten, doch benennt die Sterbeurkunde des Jahres 1643 sein Alter mit "ungefähr 77 Jahren".
Nach Selbstzeugnissen begibt sich Giovanni Baglione, als er zehn Jahre alt ist, für zwei Jahre bei dem Maler Francesco Morelli aus Florenz in die Lehre. Der Knabe fühlt sich aber unterfordert und zieht es vor, sich in Eigenregie an den in Rom zugänglichen Kunstwerken zu schulen.
Zu den frühen Arbeiten des Giovanni Baglione zählen viele hoch dekorative Fresken, so 1588/89 die Ausschmückung des Palazzo Santacroce in Oriolo Romano und 1589/90 die Fresken in der Vatikanischen Bibliothek, im Lateranspalast und in der Scala Santa. 1591/92 ist Giovanni Baglione in Neapel nachzuweisen.
Um den Jahrhundertwechsel ist Giovanni Baglione (Giovanni Baglioni) bereits ein berühmter Maler. Im Jahr 1600 nimmt ihn die Congregazione dei Virtuosi al Pantheon auf und er malt, beauftragt von niemand Geringerem als Papst Clemens VIII., das Querschiff von S. Giovanni in Laterano mit Fresken aus. Der größte Konkurrent des Giovanni Baglione ist in diesen Jahren Caravaggio. Die Werke Bagliones stehen denen Caravaggios in den ersten beiden Jahrzehnten des 17. Jahrhunderts äußerst nahe. Der Streit zwischen den Kontrahenten mündet in einen Prozess, in dem Giovanni Baglione 1603 wegen Verleumdung Caravaggios und seines Kreises angeklagt wird.
Derartige Streitereien können Giovanni Baglione aber nichts anhaben. Er kann weiterhin Arbeiten für wichtige Auftraggeber ausführen. 1606 wird Giovanni Baglione (Giovanni Baglioni) sogar von Papst Paul V. zum Cavaliere dell´abito di Christo erhoben und wird zum ersten Mal zum Principe der Accademia di S. Luca ernannt (erneut 1616 und 1617 bis 1619). Um diese Zeit lebt Giovanni Baglione bereits in der Via Condotti, wo er bis zu seinem Tode bleibt.
1609/10 ist Giovanni Baglione (Giovanni Baglioni) in Neapel nachweisbar, da er dort unehelich zwei Söhne zeugt (er heiratet erst 1628 in Rom). Zwischen 1621 und 1623 fungiert Giovanni Baglione als Hofmaler Ferdinando Gonzagas in Mantua.
Im Jahr 1643 verstirbt Giovanni Baglione (Giovanni Baglioni) als wohlhabender und hoch angesehener Mann in Rom.