Nur wenig ist über das Leben des 1640 in Mailand zur Welt gekommenen Filippo Abbiati bekannt. Der Schüler des Carlo Francesco Nuvolone wirkt nach Quellenbefunden aber insbesondere in der Umgebung seiner Geburtsstadt als Maler. Möglicherweise hält Filippo Abbiati sich in jungen Jahren, wie sein künstlerisches Werk vermuten lässt, auch in Venedig auf. Gelegentlich vermutet die kunsthistorische Forschung auch eine Reise nach Rom, die gemeinhin auf das Jahr 1674 datiert wird.
Im letzten Viertel des 17. Jahrhunderts entstehen zahlreiche Altargemälde für Kirchen in Mailand und der Umgebung von der Hand des Filippo Abbiati. Ein Zahlungsbeleg bezeugt beispielsweise, dass Filippo Abbiati im Jahr 1680 drei Gemälde für die Mailänder Kirche S. Sebastiano vollendet hat. Ebenfalls in Mailand schafft er zwischen 1683 und 1696 sein Meisterwerk, die Ausgestaltung von S. Alessandro, die der Maler gemeinsam mit Federico Bianchi durchführt. Am Ende des 17. Jahrhunderts künden nicht zuletzt Filippo Abbiatis Wettbewerbsbeitrag für eine Silberstatue für den Dom von Mailand sowie eine Zeichnung für die feierliche Beisetzung Kaiser Karls II. von seinen regen künstlerischen Tätigkeiten. Kaum Kenntnisse hat die Forschung dagegen über Leben und Werk des Filippo Abbiati nach dem Jahrhundertwechsel.
In seinen Handzeichnungen und Malereien, die Giovanni Battista Crespi und Giulio Cesare Procaccini als Stichwortgeber verraten, bringt Filippo Abbiati den Stil des römischen Hochbarock in Norditalien zu voller Blüte. Kräftiger Tenebrismus, Dynamik der Komposition sowie erhöhte Ausdruckskraft bei gleichzeitig dekorativem Grundton kennzeichnen seine Arbeiten. In späten Werken zeigt sich Filippo Abbiati sogar als Vorläufer und Wegbereiter des italienischen Rokoko, was wohl in Zusammenhang mit der Venezianischen Kunstentwicklung (etwa bei dem gebürtigen Kroaten Federico Bencovich oder Sebastiano Ricci) zu beurteilen ist. Zu seinem Schülerkreis, der Filippo Abbiatis Kunstverständnis in das neue Zeitalter trägt, zählen Pietro Maggi und Alessandro Magnasco.
Im Jahr 1715 verstirbt Filippo Abbiati in Mailand.