Im Jahr 1560 kommt mit Annibale Carracci einer der Gründungsväter des beginnenden Römischen Barock in Bologna zur Welt. Als Spross der bekannten Malerschule übernehmen seine Ausbildung der wenig ältere Cousin Ludovico Carracci und der Bruder Agostino Carracci. Möglicherweise ist, wie einige Frühwerke signalisieren, auch Bartolomeo Passarotti einer der Lehrmeister.
1583 sind die ersten datierten Malereien von Annibale Carracci überliefert. Um diese Zeit scheint er bereits eine Studienreise absolviert zu haben, denn 1580 dürfte Annibale Carracci in Parma Fresken von Correggio kopiert haben. Wahrscheinlich bereist Annibale Carracci auch die Toskana sowie Venedig.
1582 gründen die Carracci in Bologna die revolutionäre und bald äußerst einflussreiche "Accademia dei Desiderosi" (Schule der Strebenden), später "Accademia degli Incamminati" (Schule der auf den rechten Weg Gebrachten) genannt. Mit ihrem klassizistischen, an der Malerei der Renaissance sowie an der Natur geschulten Stil gelingt den Carracci die Ablösung des Manierismus durch den Frühbarock. Im Zuge dieser theoretisch untermauerten Malereireform gleichen sich die drei Häupter der Carracci-Schule, Annibale Carracci, Ludovico Carracci und Agostino Carracci, im Stil einander mehr und mehr an.
Annibale Carracci gilt dennoch als wichtigster Maler der Carracci-Schule, die in den 1590er Jahren rasch Berühmtheit erlangt. Besonders die einflussreiche Farnese-Dynastie interessiert sich für die Carracci, und 1595 übersiedelt Annibale Carracci nach Rom, um dort für Kardinal Odoardo Farnese zu arbeiten, dessen Hofmaler er werden soll. In den ersten beiden Jahren seines Aufenthaltes in der Ewigen Stadt malt Annibale Carracci die Decke des Camerino im Palazzo Farnese aus, danach arbeitet er, gemeinsam mit Agostino, an der Ausschmückung des Palazzo Farnese (1597-1600), seinem Hauptwerk in der Freskomalerei.
In seiner Kunstauffassung zeigt Annibale Carracci, zu dessen Schülern Domenichino, Lanfranco und Badalocchio zählen, klassizistische Grundstruktur mit einem Hang zu heroisch-idealem, auch akademisch anmutendem Modus. Doch bezeugt das Gesamtwerk des Annibale Carracci auch dessen Vielfalt: Als Handzeichner schafft Annibale Carracci beispielsweise frische Naturstudien sowie die 1646 postmortem herausgegebene Zeichnungsserie "Le Arti di Bologna", darstellend die Handwerke seiner Geburtsstadt. Und in der Malerei kommen auch die "kleinen Gattungen" zu ihrem Recht: Landschaften, Genremalereien, naturalistische Bildnisse und sogar Karikaturen sind von Annibale Carracci erhalten. Selbst Caravaggio, der große Zeitgenosse und Vertreter eines auf den ersten Blick völlig gegensätzlichen, krassen Realismus´, schätzt Annibale Carracci aufgrund seiner "antiakademischen" Kunstauffassung.
Der ab 1605 gesundheitlich angeschlagene Annibale Carracci, dem eine melancholische Natur nachgesagt wird, verstirbt 1609 in Rom.