Nach der Schulausbildung in Dresden und Halle schreibt sich William Wauer, Sohn eines Thüringer Geistlichen, 1884 zum Kunststudium an der Akademie in Dresden ein. Später wechselt Wauer an die Akademien nach Berlin und München.
Ab 1888 folgt ein sehr intensiver Lebensabschnitt, in dem er u.a. in San Francisco, New York, Wien, Rom, Leipzig und Dresden lebt. Wauer arbeitet als Zeitschriftenverleger, Kunstkritiker, Feuilletonredakteur und Illustrator, gibt die Monatszeitschrift Quickborn heraus, ist zeitweise Leiter der Werbeabteilung der Lingner-Werke in Dresden und entwickelt dort u.a. die "Odol"-Werbung. Nach 1900 wendet er sich zunehmend dem Theater zu, besucht ab 1905 in Berlin die Regieklasse der Schauspielschule und inszeniert 1911 mit großem Erfolg Herwarth Waldens Pantomime "Die vier Toten der Fiametta". Die Regiearbeit gilt als ein erster Höhepunkt der Theaterarbeit der Künstlergruppe "Der Sturm", der Wauer 1912 beitritt. Ab diesem Jahr betätigt sich Wauer auch als Filmregisseur: 1913 entstehen "Richard Wagner", 1914/15 "Der Tunnel" und 1916 "Peter Lump". Neben seiner Tätigkeit als Film- und Theaterregisseur beschäftigt sich der vielseitig Begabte auch mit den bildenden Künsten und ist 1918 erstmals mit eigenen Skulpturen an der 61. Ausstellung der Galerie "Der Sturm" beteiligt. Dabei wird er vor allem als Porträtist bekannt - die Büste von H. Walden ist eine Inkunabel der expressionistischen Bildhauerkunst. William Wauers Skulpturen sind durch einen spannungsvollen Bewegungsrhythmus und eine expressiv-bewegte, ornamentale Oberflächengestaltung gekennzeichnet
Zusätzlich arbeitet Wauer, bis sich der "Sturm"-Kreis 1924 allmählich aufzulösen beginnt, an Zeitschriften, Büchern und an der Kunstschule des "Sturm" mit. 1924 gründet Wauer die "Internationale Vereinigung der Expressionisten, Kubisten, Futuristen und Konstruktivisten", die er bis zu ihrem Verbot 1933 leitet. Von den Nationalsozialisten als "entartet" eingestuft, erhält der Künstler 1941 Arbeitsverbot. Nach dem Krieg ist William Wauer mit Skulpturen, Gemälden und Graphiken wieder regelmäßig auf Ausstellungen präsent, arbeitet als Dozent an der West-Berliner Volkshochschule und ist Vorstandsmitglied des Verbands der Berliner Bildenden Künstler.