Nach einer Ausbildung an der Lehrerbildungsanstalt in Kirchberg studiert Theodor Werner neben seiner beruflichen Tätigkeit 1908/09 an der Stuttgarter Akademie bei Robert Poetzelsberger. 1909 bis 1914 ist er zu Studienzwecken mehrfach in Paris und erhält eine Privatausbildung im Atelier von Charles Guérin. Nach dem Kriegsdienst lebt Werner bis 1929 als freischaffender Maler in Großsachsenheim bei Stuttgart. 1930 geht er nach Paris, wo er Mitglied der Künstlergruppe "Abstraction-Création" wird. Ein Jahr später heiratet er die Malerin Anneliese Rütgers, genannt Woty. Nach seiner Rückkehr nach Deutschland im Jahre 1935 erhält Theodor Werner Mal- und Ausstellungsverbot und gilt offiziell als entarteter Künstler. Während des Krieges wird er als technischer Zeichner dienstverpflichtet. Bei einem Bombenangriff im letzten Kriegsjahr wird der Großteil seines Lebenswerkes vernichtet. Die Jahre 1946 bis 1959 verbringt Werner in Berlin, wo er 1950 bis 1955 Mitglied der Gruppe "ZEN" ist. Von der Berliner Akademie der Künste erhält er den Professorentitel. Er wird Ehrenmitglied und 1956 schließlich Ehrensenator der Hochschule für Bildende Künste. 1959 übersiedelt Werner nach München. Zahlreiche nationale und internationale Ausstellungen sowie Auszeichnungen wie der Kunstpreis der Stadt Berlin (1951), der Internationale Preis Lissone (Mailand 1953) und der Kritikerpreis der Stadt Berlin (1954) zeugen von seiner Anerkennung.