Als Sechzehnjähriger übersiedelt Tobey 1906 nach Chicago und studiert am dortigen Art Institute. 1908 beginnt er seine Berufslaufbahn als Angestellter in einem Studio für Mode-Design, ab 1911 ist er selbstständiger Modezeichner in New York. Tobey beschäftigt sich in den folgenden Jahren intensiv mit den Schriften der arabischen Literatur und mit den Lehren der ostasiatischen Philosophie, was dazu führt, dass er sich 1918 der Baha-`i-Glaubenslehre anschließt. In den Jahren 1922 bis 1925 ist er als Kunsterzieher in Seattle und in den Jahren 1930 bis 1937 als Lehrer an der Dartington Hall School in Devonshire/ England tätig.
In Tobeys Leben nehmen seine Reisen einen wichtigen Platz ein. 1925 besucht er zum ersten Mal Europa, wenig später Persien. In den dreißiger Jahren führt ihn eine längere Reise nach Shanghai und Japan, wo er sich für einige Zeit in einem Zen-Kloster in Kyoto mit der Lehre und der Malerei des Zen sowie den Formen der Hai-Ku-Dichtung und der Kalligrafie beschäftigt. 1938 schafft er eigene musikalische Kompositionen. Im gleichen Jahr verlässt er England und zieht zurück nach Seattle, wo er bis 1960, dem Jahr seiner Übersiedlung nach Basel, bleibt.
Unter dem Einfluss der fernöstlichen Kunst entwickelt Tobey seine berühmten "White Writings", die ein Netzwerk kalligrafisch durchmodellierter feiner Zeichen darstellen. Anfangs sind sie noch leicht gegenständlich, werden aber zunehmend abstrakt und entsprechen so dem Ausdruck der meditativ-kontemplativen Lebenshaltung des Künstlers. Die erste Einzelausstellung dieser Werke findet 1944 in der Willard Gallery, New York statt. 1951 folgt eine Einzelausstellung im Whitney Museum of American Art, New York, die zuvor in San Francisco, Seattle und Santa Barbara gezeigt wird. Diese Wanderausstellung bringt Tobey den internationalen Durchbruch. Fortan ist er auf den wichtigen internationalen Ausstellungen vertreten, wie z.B. 1959 und 1964 auf der documenta in Kassel. 1974 zeigt die Smithsonian Institution in Washington eine große Retrospektive. Weitere posthume Einzelausstellungen sind 1984 in der National Gallery of Art, Washington, 1989 im Museum Folkwang, Essen und 1990 in der Galerie Beyeler, Basel zu sehen.